元、明时期、吐鲁番就出现了回族，不过在吐鲁番地区实现伊斯兰教化以后，这里的回族大都融入到维吾尔族当中。现在居住在吐鲁番的回族，主要是清代后从西北各省区迁来的。清朝统一新疆后，陕、甘、宁、青等地与吐鲁番地区交往日益密切。因回族信仰伊斯兰教，而吐鲁番地区又是信仰伊斯兰教的维吾尔族的居住地，所以西北各地回族纷纷到吐鲁番落户。他们当中有的是随军队西进，有的则因经商，或避战乱而来，久而久之就定居在吐鲁番了。
居住在吐鲁番回城（新城）的陕西八社回民，在同治年间修建了新城东大寺，这座清真寺成为吐鲁番回族进行宗教活动和文化传播的中心。辛亥革命后，又有一批陕、甘、宁、青等地的回族西迁吐鲁番。特别是20世纪初叶，马仲英曾两面次率部进入新疆，吐鲁番曾一度成为马家军的活动集中地之一，被马仲英裹胁的回族群众和不愿跟他败逃的兵士，许多都留居在吐鲁番地区。
回族穆斯林衽教坊制，吐鲁番的回民分属东大寺、西大寺、南关寺、坑坑寺、关厢寺和团结寺6个大寺。寺坊内设有阿匐掌教，主持一切宗教事务。另设教坊乡少数人，组成管理机构，负责宗教活动和处理寺坊管区的教民的公共事务。
吐鲁番各地的回民主要集中在城镇，少部分在农村务家。城镇回民善于经营小本生意，贩卖小吃饮食、土产杂货，或从事驼马运输，或打零杂短工。
现在生活在吐鲁番地区的回族人口，人口总数仅于吐鲁番的维吾尔族和汉族。
回族信仰伊斯兰教，禁吃猪肉、驴肉、马肉，还忌食未经宰杀的牛羊及家禽肉。
回族的饮食讲究工艺和色香味，有自己的特点。吐鲁番回族喜欢吃拌面、炒面、烩面、凉皮、羊肉泡馍、汤面、揪片子、麻什子、臊子面、油香、锅盔、粉汤、炖羊肉、羊杂碎等。回族的油香、黄面和羊肉粉汤最为出名，受到各族群众的欢迎。喜欢饮浓酽加糖的茯茶、砖茶和三炮如盖茶。回族人热情好客，待客时上大盘菜、大碗汤，新上一道菜，残菜即撤，最后上一道甜饭，表示菜已上完。
回族人的服饰，男子多穿白内衣、黑外衣、黑坎肩，戴白色圆帽。女子爱穿短装，戴色泽鲜艳的绣花胸兜，老年妇女一般头戴发网或白色、黑色方巾。妇女爱戴手镯、耳环、戒指、项链和长发夹。
回族民居一般是土木结构的平房，院门门额用砖砌成菱形或方格形装饰。回族的院落住室十他洁净，喜欢种植花卉增添喜庆和吉祥。家庭窗明几净，对饮食卫生更加注重。
回族与其他信仰伊斯兰教民族一样，主要的节日有肉孜节和古尔邦节，但不同的是回族将肉孜节（开斋节）视为大节，过得非常隆重。而维吾尔族则把古尔邦节作为最重要的节日。
回民中盛行唱“花儿”，即兴演唱或对唱，有多种曲调。“唱花儿”又称“漫花儿”，在节庆期间举行花儿会，这是青年男女一展歌喉和显示才华、表达爱情的好机会。
回族男女青年结婚，一般都要经过提亲、订婚、迎娶、婚礼等过程。结婚3天回门，一个星期后要拜“卧其力妈”（主婚人）。结婚仪式中由阿匐咏诵赞词。
回族的丧俗要按伊斯兰教教规进行，由阿匐念经，净身后用白布包裹，实行土葬、停尸最多不得超过3天。入葬前举行殡礼，由寺坊主持人按惯例要求人们给“口唤”，谅解死者生前的一切过失，如有欠债由子女偿还。然后由寺坊阿匐领着做“乃玛孜”（诵经祈祷），之后将遗体装入木匣抬往墓地。入土时要头北中南，面朝西方（天方圣地），将遗体放入墓穴偏洞（侧室）内，然后用土坯封洞，填土掩埋。亲属要在人死后四天、头七、二七、三七、一月、四十天、百天，举行宗教仪式，念“苏尔”做“乃玛孜”，进行祈祷和祭奠。
回族小孩出生后，除随父姓取名外，还要取一个伊斯兰教的经名。男孩到六七岁时，要按教规举行割礼。
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